Nel 1907 lo scultore bolognese Enrico Barberi eseguì un nuovo intervento di pulitura con martelletti di bronzo zigrinati per non intaccare la superficie già gravemente segnata dalle precedenti puliture. Sempre nel 1907 venne eseguito un calco a tasselli, ora conservato presso il Museo Civico Medievale di Bologna, da cui fu ricavata una copia in gesso.
Durante gli anni della prima guerra mondiale la statua in bronzo del Nettuno fu rimossa dalla fontana e ricoverata presso i magazzini di Palazzo d’Accursio e venne ricollocata nella sua sede solo nel settembre del 1919. Subì nel 1935 una assai criticata pulitura da parte dei fratelli De Stefanis.
Tra il 1943 ed il 1946 il Gigante venne nuovamente rimosso e posto al sicuro dai pericoli legati agli eventi bellici. Prima di essere riposizionato fu oggetto di un restauro eseguito dal fonditore Bruno Bearzi. Furono rimosse le incrostazioni presenti sulle sculture ed eseguita una patinatura con una vernice a base di una resina industriale che potrebbe avere rallentato l’evolversi dei processi corrosivi.

Dopo una lunga campagna di studi ed indagini strumentali, grazie al contributo dell’Associazione Industriali Bolognesi per la Cultura, nel febbraio 1988 ebbe inizio un nuovo intervento di restauro della fontana del Nettuno. Una nutrita équipe di specialisti guidati da Giovanni Morigi per il restauro dei bronzi, e da Ottorino Nonfarmale per le parti in marmo, lavorò per circa due anni sul monumento. La statua del dio marino per l’occasione venne ricoverata nel Cortile d’Onore di Palazzo Comunale all’interno di una struttura in legno disegnata dallo scultore e scenografo Mario Ceroli. Il restauro della fontana ebbe all’epoca una grande eco e grazie alla “Casa del Nettuno” di Ceroli più di duecentomila persone poterono apprezzare da vicino la complessità e l’accuratezza del restauro dei bronzi.